1.1反相色譜柱：
反相色譜填料常是以硅膠為基礎，表面鍵合有性相對較弱的官能團的鍵合相。反相色譜所使用的流動相性較，通常為水，緩沖液與甲醇，已腈等混合物。樣品流出色譜柱的順序是性較組合被沖出，而性弱的組份會在色譜柱上有更的保留。常用的反相填料有C18(ODS)、C8(MOS)、C4(B)、C6H5(Phenyl)等。

1.2正相色譜：
正相色譜用的固定相通常為硅膠(Silica)，以及其他具有性官能團，如胺基團(NH2,APS)和氰基團(CN，CPS)的鍵合相填料。由于硅膠表面的硅羥基(SiOH)或其他團的性較，因此，分離的次序是依據樣品中的各組份的性大小，即性弱的組份被沖洗出色譜柱。正相色譜使用的流動相性相對比固定相低，如：正乙烷(Hexane),氯仿(Chloroform),二氯甲烷(Methylene  Chloride)等。

1.3離子交換色譜柱：
以磺化交聯陰/陽離子鍵合硅膠色譜柱，常用規格：陰離子色譜柱(SAX)，陽離子交換色譜柱(SCX)

2.聚合物基質：
聚合物調料多為聚苯乙烯-二乙烯基苯或聚甲基丙酸酯等，其主要點是在PH值為1～14均可使用。相對與硅膠基質的C18填料，這類填料具有更的疏水性；大孔的聚合物填料對蛋白質等樣品的分離非常。現在的聚合物填料的缺點是相對硅膠基質填料，色譜柱柱效較低。

聚合物基質在流動相發生變化時都會出現膨脹或收縮。用于HPLC的交聯度聚合物填料，其膨脹和收縮要有限制。溶劑或小分子容易滲入聚合物基質中，因為小分子在聚合物基質中的傳質比在陶瓷性基質中慢，所以造成小分子在這種基質中柱效低。對于大分子像蛋白質或合成的聚物，聚合物基質的效能比得上陶瓷性基質。因此，聚合物基質用于分離大分子物質。

3.其他無機填料：
其它HPLC的無機填料色譜柱也已經商品化。由于其的性質，一般于的用途。如石墨化碳也用于正逐漸成為反相色譜填料。這種填料的分離不同與硅膠基質烷基鍵合相，石墨化碳的表面即是保留的基礎，不再需其它的表面改性，該柱填料一般比烷基鍵合硅膠或多孔聚合物填料的保留能力更，石墨化碳可用于分離某些幾何導構體，又由于HPLC流動相中不會被溶解，這類柱可在任何PH與溫度下使用。氧化鋁也可用于HPLC，氧化鋁微粒剛性，可制成穩定的色譜柱柱床，其點是可在PH達12的流動相中使用。但由于氧化鋁與堿性化合物作用也，應用范圍受到一定的限制，所以未能應用，型氧化鋯填料也可用于HPLC，商品化的僅有聚合物涂層的多孔氧化鋯微球色譜柱，應用PH范圍1～14，溫度可達100℃。由于氧化鋯填料幾年才開始研究，加之面臨的實驗難度，其重要用途與勢尚在進行中。